Passwort für Ordner in Dolphin

Klar hast du eine Sperre, die du nur mit einem Passwort aufheben kannst, wenn du die Berechtigungen änderst. Dieses Passwort ist dein root Passwort. Das wird nur nicht automatisch abgefragt, wenn ein User darauf zugreifen möchte. Dazu musst du halt die Anwendung, mit der du auf die Daten zugreifen möchtest als root starten. Da ich das aber als potentielles Sicherheitsrisiko sehe, würde ich davon abraten. Verschlüsselung ist hier tatsächlich die bessere Option.

Zum Verschlüsseln lokal auf dem eigenen Rechner ist EncFS sehr zu Empfehlen.
Es gibt sogar GUI's dafür.
Ob diese allerdings "Alltagstauglich" sind kann ich nicht sagen....nutze EncFS nur per Shell.

Die Lösung per Dateiberechtigung sehe ich nur als Krücke.

EncFS nutze ich für sensible Ordner auch.
Mit GUI auch einfach zu handhaben.

Wo liegen denn diese Ordner?
Unter /home/user, oder direkt unter / (also direkt unter dem Wurzelverzeichnis) oder unter /root dem Zuhause des SuperUsers root?
Je nach dem, das kann Konsequenzen haben!

Standardvorgabe, eine Partition für / und eine für /home? Bei der Installation unverändert gelassen?
Wie machst du denn die Datensicherung?
Als Ottonormaluser hast du keinen Zugriff drauf. Wenn es so eingestellt ist, wie du es zuvor als dein Ziel beschrieben hast.
Wie sehen denn die Rechte bei diesen Verzeichnissen aus?
In deinem Home-Verzeichnis gibt als user ein:

ls -ld "verzeichnis"

Aufschluss.