Schaue mal in das system log: journalctl -e -u systemd-tmpfiles-clean
Wenn du dort etwas wie
siehst wird deine Konfiguration einfach ignoriert, in dem Fall musst du nachschauen wo der doppelte Eintrag her kommt, die Datei nach /etc/tmpfiles.d/ kopieren und die Zeile auskommentieren.
Alternativ einfach mal den Auszug des logs hier posten