Alles was ich Dir mit Sicherheit sagen kann, ist, das ich auf meinem Rechner den Fehler ignoriert habe und es läuft alles rund.
Falls etwas schief läuft, würde ich an Deiner Stelle, bevor ich dann Ubuntu oder ähnliches installiere, mittels partedmagic Live CD die von openSuSE angelegten Partitionen wieder löschen, um den Platz "jungfräulich" für den Ubuntuinstaller freizugeben. Dann sollte Ubuntu den MBR wieder lauffähig herstellen.
http://partedmagic.com/doku.php?id=downloads
PS : Es ist ja keine Fehlermeldung, die Du bei der Installation von openSuSE erhältst. Es ist lediglich eine Warnung.