Ich habe Glassfish mit einem Shell-Skript installiert (ogs-3.1.2.2-unix-ml.sh), die Installation als root verläuft auch normal, nur am Ende will er die Domain einrichten und dort scheitert er an den bereits belegten Ports. Java-mäßig habe ich das JDK 7 u17 installiert (JRE demzufolge auch) und der Apache-Web-Server läuft im Hintergrund. Die Firewall gibt die Ports nicht frei, ich mag den Glassfish nur lokal benutzen, nicht von außen zugänglich, nur zu Testzwecken hinsichtlich JavaEE. Andere Server laufen nicht, zumindest keiner, der Port 8080 oder 4848 benutzt, (sofern ich weiß). Ich hatte schon unter 12.1 das gleiche Problem, hatte es aber nicht so forciert. Logs habe ich nicht nachgesehen, da er ja definitiv bei der Installation auf bereits belegte Ports hinweist und die Installation nur durch Abbruch zu beenden ist. Der Port-Fehler ist bereits bei dem ersten Installationsversuch aufgetreten, also keine Leichen von vergangenen Installationen. Anders, als original, habe ich Libre-Office nicht installiert, sondern OpenOffice 3.4.1, doch das dürfte nicht das Port-Problem sein.
Achso NetBeans 7.3 ohne Server hatte ich noch vorher installiert (Java-Dinger).
Ich weiß nicht so recht, was ich falsch gemacht habe... 
