Ich hatte das gleiche Problem mit der Installation von openSUSE in einer logischen Partition und z.B. Windows oder Kubuntu in einer primären Partition mit gesetztem Bootflag.
Auch wenn der Bootsektor der Root-Partition, als Installationsort gewählt wird, wird die erweiterte
Partition bei der Installation aktiv gesetzt.
Gelöst habe ich das Problem mit Gparted am Ende der openSUSE 11.2 Installation, indem man das Bootflag bei der erweiterten Partition abschaltet und bei der primären Partition, mit der man vorher gestartet hat, wieder einschaltet.
Grub im MBR wird nicht verändert wenn bei der openSUSE Installation die Root-Partition als Speicherort des Bootloaders angegeben wurde.