Ich habe dasselbe Problem auch. Ich kann eine Konsole als root öffnen und auch Programme mit graphischer Oberfläche aufrufen, nur mit yast2 controlcenter und auch Modulen geht es nicht. Bei 13.1 hat das noch einwandfrei funktioniert. Interessanterweise scheint es ja bei manchen unter 13.2 zu funktionieren. Sehr seltsam ist das schon.
Lokal kann ich yast2 natürlich durch Anklicken des entsprechenden Icons auf meinem Desktop problemlos aufrufen. Das startet yast2 via xdg-su:
/usr/bin/xdg-su -c /sbin/yast2