Ich würde übrigens immer die höchstmögliche Ebene benutzen.
Ein Beispiel: Ein xdotool-Makro soll im Browser ein Formular ausfüllen. Die Tastenkombi zum Starten des Makros sollte dann nicht auf Ebene des XServers oder Desktops, sondern auf die des Browsers, schließlich soll das Makro nicht einfach irgendwo rumklicken können, sondern eben nur im Browser. In diesem Fall sollte also die Browserkonfig benutzt werden, auch dort kann man Tastenkombis festlegen.
Man sollte sich also genau überlegen, was alles schief gehen könnte.