Ist so auch nicht wirklich wahr, lasst doch mal das arme Apper in Ruhe und geht eine Ebene tiefer, mit PackageKit selbst/generell gab es unter openSUSE in Verbindung mit libzypp Probleme. Oder gab es bei dir/euch keine Probleme mit gnome-packagekit und/oder pkcon?
So tief bin ich eigentlich noch nicht eingestiegen. Es könnte sein, dass Du Recht hast.
Ich bin nur ein openSUSE Anwender mit KDE Desktop, der das System toll findet, aber auch über das Eine oder Andere stolpert.
Drum hoffe ich, dass ich hier im Forum hin und wieder was lerne. Wenn Du Recht hast, habe ich wieder was gelernt. 
GNOME verwende ich eigentlich nicht (nur auf der VM in Verbindung mit Fedora zum Ausprobieren).