Ich hoffe, dass ich Dein Problem hier richtig verstanden habe.
Ich hatte vor einiger Zeit auch das Problem, dass die Icons der Office Anwendungen nicht korrekt angelegt wurden (bei der Installation des Office von der Homepage).
Am Ende stellte sich heraus, dass dies nur korrekt funktionierte, wenn ich die Datei, die für die Erzeugung der Desktop Icons zuständig ist als allerletztes installierte.
In Deinem Fall mit der aktuellen Version von LibreOffice könnte also ein
zypper rm libreoffice4.0-suse-menus-4.0.3-3.noarch.rpm
zypper in libreoffice4.0-suse-menus-4.0.3-3.noarch.rpm
als root das Problem lösen, da dadurch dann die Icons neu (und hoffentlich richtig) angelegt würden.
Diese Datei liegt im entpackten Archiv in
LibreOffice_4.0.3.3_Linux_x86-64_rpm/RPMS/desktop-integration/