Nur mal noch etwas Brainstorming, welche Alternativen es noch gäbe :
1) Kein Videoschnit im klassischen Sinne wäre es eine Neukodierung des relevanten Teils mit handbrake (nicht unstable) vorzunehmen. Zielcontainer wäre dann mkv und empfohlene Werte bei CRF Faktor zwischen 18 und 22, wobei ein kleinerer Faktor gleichbedeutend mit besserer Bildqualität ist. Der Vorteil dieser Vorgehensweise wäre eine wesentlich kleinere Datei bei nahezu gleichbleibender Qualität.
Ich gehe mal davon aus, dass Du nur einen Teil am Anfang und am Ende entfernen musst, Von daher wäre der Aufwand vetretbar.
Dort kannst Du Anfangs und Endzeit der Kodierung innerhalb der geöffneten Datei angeben. Alternativ ist auch Angabe des Ziel und Endframes möglich.
2) Einen klassischen Videoeditor verwenden, was vom Zeitaufwand her natürlich wesentlich höher wäre
Kandidaten :
kdenlive
cinelerra
openshot
3) Falls Du noch ein Windows zuhause rumliegen hast, könntest Du das in einer virtuellen Maschine innerhalb von Virtualbox installieren und die von Dir erwähnten Programme mal ausprobieren. Wobei ich aber leichte Zweifel habe, dass die Verwendung eines anderen Programmes zu einem anderen Ergebnis führt.
Ich habe solche Programme noch nie unter wine laufen lassen und kann von daher nicht beurteilen, wie zuverlässig und ob sie überhaupt arbeiten.
Aber schauen wir uns erst mal die Ausgaben von mediainfo an.