Clonezilla sollte in der Lage sein Deine Sytem und Deine Userpartition getrennt zu sichern.
http://clonezilla.org/
Für Deine inkrementellen Backups würde ich Deja Dup oder backintime (beide im OSS Repository) empfehlen.
Edit : Falls Du das Backup mit Clonzilla machen solltest, hat sich die Frage nach den Ordnern erledigt, da es sinnvoller ist ein komplettes Backup Deines Systems zu machen und dieses dann bei Bedarf einfach zurückzukopieren. Clonzilla macht hierfür ein 1:1 Backup Deines Systems (inklusive Bootloader) und sichert dabei nur die tatsächlich belegten Bereiche der Partitionen. Deine inkrementellen Backups kannst Du dann über das Programm wiederherstellen, das Du zur Erstellung verwendet hast.