Habe ich gemacht, allerdings ist die Meldung unverändert immer noch da.
Wenn du tatsächlich die von Sauerland vorgeschlagenen Umbenennungen durchgeführt hast und nach dem Neustart trotzdem wieder die gleichen Fehlermeldungen erscheinen, so könnte das darauf hindeuten, dass die config-files nicht neu gelesen wurden, sondern sich der kernel stattdessen aus dem cache bedient und dabei auf alte (fehlerhafte) Dateien zugegriffen hat.
Die Änderung der auskommentierten Zeile # include ... --> include if exist ... hätte m.E. zu keiner oder zu einer anderen Fehlermeldung führen müssen.
Vielleicht kannst du mal nachsehen, was das folgende ergibt:
ls -l /var/cache/apparmor/
Bei mir werden dann einige Verzeichnisse angezeigt. Wenn man dann als root das zuletzt erstellte (neueste) anschaut, so kann man das mit dem Inhalt von /etc/apparmor.d/ abgleichen.
In /var/cache/apparmor/*/ liegen Dateien aus /etc/apparmor.d/ zum schnelleren laden im Binärformat.
Vermutlich könnte das Löschen einiger cache-Dateien das Problem lösen, aber ich empfehle erst auf die Meinung von Sauerland zu warten.