/etc/X11/xorg.conf ist über wie ein Kropf. das wird alles in den Dateien in dem Verzeichnis /etc/X11/xorg.conf.d/ konfiguriert.
Ebenso ist zu vermeiden, nvidia-xconfig auszuführen.
Sorry, für die späte "Antwort", aber Ich dachte mir, ich versuche in "nvidia-settings" die Konfiguration der Karte "anzupassen", aber das "Save to X-Configuration" brach, mit einem Fehler
"there is no xorg???" (was genau, weiß Ich jetzt nicht mehr) ab. Also habe Ich im Netz nach dem angegebenen Fehler gesucht und, was du gerade "abgeraten" hast wurde "ausgeführt"
(nvidia-xconfig). Nunja Ich dache mir das, mir den "schwarzen" Dingern, liegt an den Einstellungen in den NVidia-Settings, und das schien es Anfangs auch, aber...