Normalerweise nutzt man sowieso ALSA, auch bei dir. Pulseaudio leitet alles an ALSA weiter.
Hast du mal beim Tool "alsamixer" reingeschaut? Der Auto Gain verstärkt das Signal, wenn es zu schwach ist und das stört (eben wegen dem Rauschen)
praktisch immer, weswegen ich das abschalte.
Du musst "alsamixer" eintippen, dann F5 drücken, um alle Kanäle (Ein- und Ausgang) zu sehen, dann F6 drücken und das jeweilige Sounddevice (falls du mehrere hast)
auswählen und dir mal die Einstellungen anschauen.
Wenn es das nicht ist, weiß ich leider auch erstmal nicht weiter 