Akonadi ist ein Cache (Zwischenspeicher).
Dieser ist u.a. auch für dein KMail verantwortlich.
Ich kann mir gut vorstellen, dass durch einen Akonadi-Neustart oder dem Komprimieren der Akonadi-Datenbank die doppelten Mails nicht mehr kommen.
Falls im Cache "Mail-Leichen" liegen (z.B. durch eine def. Akonadi-Datenbank) würde dies auch erklären, warum KMail diese Duplikate nicht löschen kann.
Somit haben wir jetzt als Anhaltspunkte Akonadi und KMail-Filter...
Bin gespannt...
Von deinem beschriebenen Problem gibt es sehr viele im Netz.
Schwer zu sagen, woran es nun liegt.
Ist der Fehler ausschl. gestern aufgetreten?
Die meisten im Netz zu findenen Lösungsansätze gehen in Richtung:
Alle Filter (falls vorhanden) testweise deaktivieren
Und Akonadi - siehe hier:
Akonadi › Wiki › ubuntuusers.de
Wer Tumbleweed nutzt, lernt mehr. Und Anfänger müssen lernen
Da muss ich @wurzel99 zu 100% Recht geben.
Mehr lernen wird nur der, der es will und auch dazu in der Lage ist.
Aber, wenn einem TB nicht gefällt, was soll's - weg damit und Leap drauf 
Versuch macht klug 
Du hast jetzt wunderbar gezeigt, wo die Unterschiede (bzgl. installierter Pakete) liegen.
Ich würde langsam Paket für Paket installalieren bzw. deinstallieren, bis der "Problem-Rechner" sich dem Zustand des funktionierenden Rechners nähert.
Wobei es hauptsächlich um die Pakete mit "fcitx", "Japan" und "ibus" geht.
Du hast zwei Rechner - auf einem geht es - auf dem anderen nicht.
Beide mit openSUSE Tumbleweed 15.0 Gnome?
Magst du einmal von beiden Systemen posten:
zypper se -si ibus fcitx japanHabe leider keine bessere Lösung, als sich heran zu testen...
Mit neuem User getestet?
Der PC, auf dem es geht, hat kein "fcitx" - richtig?
Hast du schon versucht, es testweise zu deinstallieren?
Du hast geschrieben, dass dieser Fehler auch mit anderen "DE-Sessions" auftritt. Welche?
Noch gefunden:
SDB:Write and Read in Japanese using an occidental system - openSUSE Wiki
Zu Post #13
Das wäre angebrachter:
zypper in ibus-anthyInstalliere:
zypper in ibus-mozcUnd nach dem Umstellen auf "Japan" neu starten und testen.
Wenn es dann noch immer nicht geht, könntest du testweise mal einen neuen User anlegen und erneut testen.
Drück' dir die Daumen...
"Anthy" ist ja schon bzw. noch installiert.
1. Bedeutet das jetzt, wenn du einfach auf "Japan" umstellst, friert der Rechner ein?
2. Oder friert er ein, wenn du zusätzliche Pakete installiertst? Wenn ja, welche?
Wenn auf Frage 1. ein "ja" kommt, installiere das Paket:
zypper in ibus-mozcBei einer Umstellung auf "Japan" sollte der Rechner neu gestartet werden.
Ob bei dem Nvidia Treiber alles ok ist, können andere hier besser beurteilen.
Ausgaben vom "Problem-Rechner", wenn es denn geht und er nicht sofort einfriert.