Sollte man in Leap auch mit zypper dup updaten, oder tut es da zypper update?
Nur mit zypper up oder evtl. den entsprechenden grafischen Tools, die aber auch teilweise nicht alles können, denn die benutzen zypper patch. Dann musst du mit zypper up mal alles wieder richten.
zypper dup --allow-vendor-change --from Repo|Alias|URL brauchst du nur, um alle installierten Pakete auf die entsprechende Version aus einem bestimmten Repo umzustellen. Wenn du vorher eine vernünftige Priorisierung der Repos vornimmst, sollte danach alles problemlos funktionieren.
Allerdings kann ich dir nicht sagen, ob es auch mit Leap klappt.
Zum Thema:
hast du mal als root efibootmgr aufgerufen?
Hier bei mir ist nur openSUSE installiert:
linux64:/home/stephan # efibootmgr
BootCurrent: 0001
Timeout: 1 seconds
BootOrder: 0001,0000,0002,0003,0004
Boot0000* opensuse
Boot0001* opensuse-secureboot
Boot0002* UEFI:CD/DVD Drive
Boot0003* UEFI:Removable Device
Boot0004* UEFI:Network Device
linux64:/home/stephan #
Konsolenausgaben bitte immer incl. der kompletten Eingabezeile und der auf der Ausgabe folgenden neuen Befehlszeile
efibootmgr --help sollte schon mal einen groben Überblick über den Befehl geben.