Bereinige erst mal deine Repoliste.
Es ist ein gefährlicher Irrglaube, dass ein Repo nichts mit anderen zu tun habe.
Sehr leicht werden dabei Libs ersetzt, die dir alle möglichen subtilen Fehler bringen.
Also erst mal die Repos wirklich alle umstellen auf die Version, die tatsächlich am Start ist.
Danach sicherstellen, dass auch wirklich alle Programme auf diese Repos umgestellt worden sind.
Wäre .Net völlig unabhängig vom System, müsstest du nichts installieren.
Solche Aussagen, wie deine, dass das nichts mit dem Problem zu tun hätte, kannst du erst äußern, wenn du WIRKLICH zeigen kannst, dass TATSÄCHLICH keine Abhängigkeiten bestehen.
Selbst .Net läuft nicht im vakuumierten Nichts.