Wie Falk schon sagte: Versuch erstmal das Update per Repo oder DVD mit dem Modus "Aktualisieren" und nicht "Neuinstallation".
Bei mir ging über das Repo alles kaputt (lag vermutlich am proprietären Nvidia-Treiber? Ich hab keine Ahnung. Nach dem Neustart kam bei mir immer eine Kernel-Panic) aber das ist auch nicht weiter schlimm.
Finde besser vorher raus welche Partition zu welchem Verzeichnis gehört.
Dazu gib einfach
ein. Merke dir welches /dev/sdaX zum Root-Verzeichnis gehört (das wird als "/" eingebunden) und was die Home-Partition ist (das wird als "/home" eingebunden. Bei einer Neuinstallation musst du das dann wieder genau so einstellen. Wähle exakt den selben Benutzernamen und Passwort beim Anlegen eines neuen Nutzers und dann kannst du mit deinen bestehenden Daten einfach weiter arbeiten.
Hat bei mir einwandfrei funktioniert.
Nervig ist nur das Nachinstallieren der Pakete, aber das ist ja auf Bedarf mit 2 Eingaben schnell gemacht.
Viel Erfolg.