Wenn zypper unter openSUSE Leap ein selbst gebautes RPM-Paket (das für Fedora gedacht war oder Fedora-Spezifikationen nutzt) „löscht“, meint das in der Regel, dass das Paket bei einem Systemupdate (zypper up oder zypper dup) deinstalliert oder durch ein anderes Paket ersetzt wird.
Dafür gibt es technische Gründe im RPM-Ökosystem:
Beispiel1
Ungelöste Abhängigkeitskonflikte (Dependency Hell)
Fedora und openSUSE benennen ihre Systembibliotheken oft unterschiedlich (z. B. heißt eine Bibliothek unter Fedora vielleicht openssl-libs, unter openSUSE aber libopenssl1_1).
Wenn ein reguläres Leap-Update neue Basis-Pakete einspielen muss, dein Fedora-RPM aber auf ganz bestimmten Versionen oder Namen beharrt, entsteht ein Konflikt. zypper entscheidet sich im Zweifel immer für die Stabilität des Basis-Systems und entfernt das störende Fremdpaket (das Fedora-RPM), um das Update der Systempakete durchführen zu können.
Beispiel2
Vendor-Richtlinien (Anbieterwechsel)
openSUSE nutzt ein striktes "Vendor"-Konzept. Ein Paket aus den offiziellen Quellen hat als Vendor openSUSE. Dein selbst gebautes Paket hat vermutlich einen anderen oder gar keinen Vendor-Eintrag.
Besonders wenn zypper dup (Distribution Upgrade) verwendet wird, versucht zypper, alle Pakete auf den offiziellen System-Vendor glattzuziehen. Fremdpakete werden dabei oft gnadenlos durch die offiziellen Versionen ersetzt oder bei Inkompatibilitäten entfernt.
Beispiel3
Obsoletes (Ersetzungen)
Es kann vorkommen, dass ein offizielles openSUSE-Paket in seinen Metadaten definiert, dass es das von dir gebaute Paket ("obsoletes") obsolet macht. Sobald zypper dieses openSUSE-Paket installiert, löscht es automatisch das Paket, das als veraltet deklariert wurde.
Was da bei dir schief läuft weißt nur du, da du das aus einem Fedora.rpm gebaut hast, wie du sagst. Warum du nicht das Programm aus dem Software-Download nutzt ...
https://software.opensuse.org/package/rstudio
Sollte man als Profi aber auch finden können