Mein Tipp: Neu und sauber ist neu und sauber. Alles andere führt über kurz oder lang in den Untergang.
Alle Abhängigkeiten die sich auftun, kann man gar nicht berücksichtigen. Erst recht nicht, wenn man vorher wilde Installations / Deinstallationsorgien gefeiert hat. Es bleibt immer was über, das Probleme macht.
Ich mach Backups, die Platte komplett platt und baue die mit dem neuen System sauber auf. Komischerweise hatte ich damit noch niemals Probleme. Und dann ziehe ich mir aus dem Backup rüber, was ich brauche. Dauert vielleicht länger, ist aber 100 % sicher.