Schalt doch mal den Zugriff auf den Server vorübergehend aus ... da hast du einen Vergleich beim Bootvorgang. Des weiteren kannst du im Grub den Parameter "splash=" auf splash=verbose ändern.
Beim booten bekommst du dann die Meldungen angezeigt und siehst, wer da so lange braucht.
Kannst auch in den log-Dateien nach dem Verursacher suchen unter /var/log/bootlog