Das musst Du selber wissen. Ich würde die immerhin bezahlte Windows-Installation nicht riskieren. Der Wechsel von Komponenten wie eben Datenträgern gehört zur normalen Nutzung und ist auch für die Garantie des Verkäufers unschädlich. Wenn Du die Platte formatierst, ist das, was drauf war, weg.
Für jedes Betriebssystem eine eigene Platte ist ohnehin nicht sinnvoll. Probleme beim Start kommen, wenn es welche gibt, vom Bootlader und der ist nicht so einfach zu trennen. Ein System pro Platte bedeutet letztlich nur, dass beide verschleißen. Ich halte es für sinnvoller, beide Systeme auf eine Platte zu installieren und wenn Du die Win-Installation retten willst, die bisherige Platte auf eine größere zu klonen. Alles auf einer frischen Platte neu installieren, ist auch eine Möglichkeit. Die Win-Seriennummer wird bei neueren Windowsrechner meines Wissens im BIOS (oder seinem Nachfolger) gespeichert und bleibt bei einer anderen Festplatte erhalten. Zumindest sollte das so sein und meinen Hintern würde ich nicht drauf verwetten.
Von der MS-Unart, Daten in der Systempartition zu speichern, musst Du Dich bei einem Mutltibootsystem wie auch bei einem virtualiserten ohnehin trennen.