Programme die Du mit configure make make install installierst kannst Du mit zypper/Yast normalerweise nicht deinstallieren.
Wenn ein uninstall-Script dabei ist geht das nur per Hand.
Noch einmal:
Trenne Dich von der Vorgehensweise: herunterladen und installieren.
Nimm nur den Paketmanger.
Es gibt aber Ausnahmen: Druckertreiber, Scannertreiber usw.
Und auch die sogenannten 1-Klick-Installationen sollte man vermeiden, dabei wird das Repo, aus dem das Programm ist, automatisch mit eingebunden.