meiner Meinung nach veränderst du dein System durch die Deinstallationen so und auch ungeplant, dass du hinterher wesentlich mehr Aufwand hast dies evtl so wieder hinzustellen.
Wenn du den Zeitrahmen so genau eingrenzen kannst wäre immer noch mein Vorschlag einen älteren Snapshot zu booten, der noch funktioniert und darauf einen diff anzuwenden:
siehe: Differences between two btrfs snapshots
Vielleicht funktioniert das dort angebotene Script: Dann kann man immer noch unter den gelisteten Differenzen raten woran es liegt, aber die Liste dürfte kleiner und konkreter sein.
vorausgesetzt du verwendest btrfs.
Wenn es aber wie du geschrieben hast am User festzumachen ist, dann könnte es auch an Dateien unter /home liegen und das könnte xfs sein?
meine Meinung - grüße