Meine Frage wäre nun, wie kann man das im Installer erreichen, wenn man von 0 auf den Festplattenaufbau startet?
Eventuell hast du auch den UEFI-Modus abgeschaltet und den BIOS-Modus eingeschaltet. Dann kann es schon mal passieren, dass sich GPT nicht einrichten lässt.
Bei solchen Fragestellungen greife ich dann immer zum USB-Stick mit GPARTED.