Ein Detail war z.B., dass mir als Desktop ein anderer Ordner als ursprünlich angezeigt wurde; statt /home war es jetzt /home/$user.
Huch. Ich kann mir nicht vorstellen, warum man "/home" sehen will. Du bist nicht zufällig der falschen Meinung, dass Dein Home-Verzeichnis "/home" wäre?
Wenn ich dort die Systempartition der internen SSD mounte, werden mir dort alle gestern angelegten Dateien angezeigt, ebenso alle mit neuen Versionen überschriebenen Dateien im aktuellen Stand. Ein Blick in den akonadi Mailordner zeigt mir dort ebenfalls die neu angelegten Mailordner mitsamt E-Mails.
Starte ich das System wieder normal, sind die neuen Dateien wieder futsch und es werden sogar die alten (eigentlich überschriebenen) Stände div. PDFs angezeigt! Die neuen Mailordner sind ebenfalls wieder weg.
Ich rate jetzt mal:
Vermutlich wird beim "normalen Starten" irgendwas auf /home gemountet und das ist das, was man dann dort sieht. Beim händischen Mounten hast Du auf /home nichts gemountet und dann sieht man dort die anderen Dateien. Mounten verdeckt alles, was vorher am Mountpoint lag.