Also, ich bin ja ziemlich radikal in einigen Sachen. Das hat aber Hintergründe in denen steht, das ich weiß, was ich tue.
Zu deinem Problem ...
Ich habe kurzerhand als Root das gesamte Verzeichnis flatpak unter /var/lib gelöscht. Einfach um zu sehen, was nach einem Neustart passiert.
Passiert war folgendes ... das Verzeichnis wird wieder angelegt mit dem Unterschied, das alle Unterverzeichnisse, die ebenfalls wieder angelegt werden, leer sind.
Deshalb schlage ich dir folgendes vor:
Ehe du groß im System herum lavierts ... lösche mit Rootzugriff einfach das Verzeichnis flatpak und starte neu. Damit sollte das Problem erledigt sein.
Achtung: Dies gilt für Tumbleweed ... ich denke aber, das es für Leap genauso ist, auch, da wir beide keinerlei flatpaks nutzen.