Ich verstehe jetzt nicht so ganz das Problem. Sind in den diversen Ordnern Mails enthalten? Wenn Du Kontact oder KMail installiert hast, müsste KMail ja jedenfalls auf das aktuelle Mail-Verzeichnis verlinken, das nunmehr unter /.local/share/akonadi_maildir_resourceX (X steht für die Ziffer, unter der bei Dir das Verzeichnis angelegt worden ist) liegen sollte. Aus den anderen Verzeichnissen kannst Du die Mails in das vorgenannte Verzeichnis kopieren.
Ansonsten unter KMail - Einrichten - Zugänge für das oder die Postfächer auf Bearbeiten klicken. Dort sollte der Pfad, in dem die Mails unter der aktuellen Installation abgelegt werden, angezeigt werden.