Was ist besser? Updaten über Zypper oder in Yast?
YaST macht auch nicht mehr als zypper im Hintergrund zu starten.
Nach meiner Erfahrung macht es grundsätzlich keinen Unterschied ausser der Darstellung und der Bedienung. Für jemanden der sich gut auskennt ist die Lösung mit der Konsole aber natürlich schneller.
Ein Distribution-Update ist ein Update z.Bsp. von openSuSE 13.1 auf openSuSE 13.2. Ein normaler Update ist das aktualisieren einer vorhandenen Software auf einen neue Version oder einen neuen Patchstand innerhalb derselben Distribution.
Wenn Du fälschlicherweise einen Distributions Update machst kann es sein, dass er Dir Dateien die für openSuSE 13.2 gedacht sind auf einem openSuSE 13.1 System installierst. Das Resultat sind dann vielleicht nicht lauffähige Versionen oder gescheiterte Updates.
Ich glaube das "Risiko" beschränkt sich einfach darauf, dass Dich zypper bei "dup" nicht mehr hindert RPMs zu installieren die nicht klar für die aktuelle Distribution ausgewiesen sind. Was zypper installiert hängt aber trotzdem immer noch von den angeschlossenen Repositories ab - wenn da also nix eingebunden ist, das mehr als nur eine Distribution "bedient" macht es vermutlich keinen grossen Unterschied 
Wenn es nur ein Anbieterwechsel ist, führ aber oftmals auch einfach ein "zypper install" zum Erfolg. Denn auch damit kann man updaten und auch der Befehl entfernt etwaige alte Versionen vor der Installation.
Voraussetzung ist natürlich immer, dass die RPMs sauber erstellt sind.
Ich halte eigentlich immer den folgenden Ablauf ein:
1. Versuch; zypper up xxx.rpm
2. Versuch: zypper in xxx.rpm
und das war zumindest bisher immer Zielführend.
zypper dup nutzte ich bisher wirklich nur für Updates von z.Bsp. 12.2 auf 12.3.
Generell würde ich trotzdem "zypper dup" nicht als erste Wahl bezeichnen. Es kann ein Ausweg wie in Deinem Fall sein - sollte aber vorsichtig verwendet werden. Ich musste auch schon mit der Option "zypper -f in" installieren - aber dann muss man genau wissen was man tut und sich des Risikos bewusst sein.
Bei den ganzen Installations- und Updatebefehlen, basierend auf der Konsole sollte man sowieso immer wissen, was man tut
Ansonsten sei hier unbedarften Anwendern geraten, sich nur auf Yast zu verlassen und sich in alles andere erst einmal einzuarbeiten.
Dies sei hier meiner Meinung nach noch einmal zusammenfassend gesagt.
zypper dup macht einen Wechsel eines Paketes von einem Repo auf ein anderes Repo. Kannst Du je nach Repo-URL als ein Distributionsupdate oder nur ein Repowechsel nennen.
zypper dup hat auch noch einige Schalter, siehe man zypper oder zypper dup --help
