Ja, da übersiehst du das Wesenzielle.
Der Alsamixer schraubt direkt auf der Soundkarte, eben ALSA.
Während pavucontrol ein paar Schichten höher eben mit dem pulseaudio Server selbst rumspielt.
Mit dem Alsamixer kann man feststellen, ob der Sound prinzipiell funktioniert.
Mit pavucontrol nur sehr bedingt.