zu 3. Programme mit transactional-update zu installieren ist nicht empfohlen. Wozu auch, nutze einfach Distrobox, wenn dir Flathub nicht zusagt. Sollte es aber keine andere Möglichkeit geben, bspw. spezielle Treiber zu installieren, ist es eine Option.
Wie installierst du denn den Lamp-Stack, also Apache+Mysql+PHP ?