Poste mal xrandr -q
Poste mal xdpyinfo ohne Parameter, davon nur die Zeilen mit (falschen?) Maßen und dpi.
Meine Vermutung: Irgendeine Konfig nimmt irgendeine Einstellung irgendwoher. Verschiedene Anwendungen benutzen unterschiedliche Konfigs. Ich beschäftige mich notgedrungen zu ersten Male mit dem Zeug. Mein Tut muss ich einkürzen, sonst verliert der Leser die Lust unterwegs.
In meinen X-Settings steht die falsche dpi (96) und ein falsches Display-Maß in mm.
Notfalls mal Zollstock ansetzen (Länge x Breite) und dpi ausrechnen.
Graka ist bei mir momentan die interne intel, diskrete im BIOS aus, bumlebee aus.