warum nicht gleich so?
Und dann mit rm die leeren Quellordner löschen?
Ich habe das gerade an einigen Probedaten getestet. Es funktioniert. Ich habe das Problem von @Kuddenberg auch (allerdings mit nur einigen tausend Dateien) und hab es bisher verdrängt. Ich hatte mal die manuellen 'Verflachung' angefangen aber bald wieder aufgegeben.
Jetzt ist das Problem gelöst !