Du kannst das mit dem Update per USB-Stick machen. Wenn Du über diverse Repositories Programme eingespielt hast, dann die Repositories bei Ablauf des Update-Programms, welches die ganzen Repositories löschen will, die Repositories durch anklicken aktivieren, die Du behalten möchtest (und bei denen Du dir sicher bist, dass diese nicht ursächlich für das Problem sind).
Gegebenenfalls will das Update Programme löschen, dann solltest Du Dir die ausgewählten Programme ansehen - und gegebenenfalls ebenfalls erhalten.
Ich habe das jetzt schon längere Zeit nicht mehr gemacht, aber ich meine, Du müsstest prüfen, dass das Update die bisherigen Verzeichnisse übernimmt und nicht ein neues home-Verzeichnis anlegt. Aber genau habe ich das nicht mehr in Erinnerung.