zypper dup --allow-vendor-change bedeutet, Verzeichniswechsel zulassen ... also genau das, was dich in die Tiefe gestürzt hat mit deinen tausenden Repos. Damit hat das Update in allen Repos herum gekramt und eine ungünstige Konstellation erstellt. Aufräumen bedeutet auch in diesem Fall immer und immer wieder ... erstelle eine vernünftige Repoliste, priorisiere sie vernünftig und dann funktioniert das auch.
Vielleicht noch ein Tipp zum guten Schluss:
