Erstelle auf dem neuen System, die Nutzer, die Du brauchst und kopiere jeweils nur mit der Anmeldung dieses Benutzers, die Dateien, die er erhalten soll.
Schaue Dir aber die Verzeichnisse genau an. Besonders die, mit einem . (punkt) davor. (Vorher im Dolphin aktivieren, das er auch versteckte Dateien anzeigt)
KDE und xserver solltest Du da wech lassen.... Mit den alten Einstellungen, kann das neue System nix anfangen.
Ansonsten kann man das auch schnell, wenn die Zugriffsrechte nicht passen sollten, über die shell (bash) machen. chmod und chown ist da Dein Freund.