Ein zypper up erfüllt den Zweck nicht. Muss schon ein zypper dup entweder auf das Repository oder, bei richtiger Priorisierung, über alle Repositories sein.
Im Zweifellsfall würde ich erst mal ein zypper dup --from 2 laufen lassen (2=Nummer vom Repository). Dann werden die Pakete sogar korrekt auf Packman umgestellt, wenn die Prioritäten nicht angepasst sind. Alle Abhängigkeiten auflösen und nichts ignorieren. Nachgeholt werden sollte die Priorisierung natürlich trotzdem. Aktivierung und Aktualisierung sollten selbstverständlich sein.
Repo mit der Nr 2 wird nicht aktualisiert und die Priorität sollte höher gestellt werden
Beides korrekt. Höhere Priorität = kleinere Zahl