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Ich werde es mal versuchsweise deinstallieren,
Wieso immer gleich alles mit Gewalt ?
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glaube aber nicht, dass das die Ursache sein kann;
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Ich auch nicht.
Hast Du mal in die Logs geguckt ? Falls ja, poste bitte die Einträge mit dem entsprechenden Zeitstempel.
Wenn keine Logs dazu da sind, das Loglevel anpassen (notfalls auf DEBUG), Fehler reproduzieren und nochmal in die Logs gucken...
Sicherlich hängt die ideale Vorgehensweise auch davon ab, ob es sich womöglich um einen produktiven Webserver handelt, ein Webhosting Dienst oder i-was was zu Hause steht.